随着“十二五”企业节能、环保的压力不断增大，一些正在考虑上马烧结烟气脱硫的厂家感到纠结和困惑，上海立谊环保工程技术有限总经理何申富总结了目前已建脱硫系统存在的问题大概有下列几个：
一是系统运行不稳定。不能长期稳定的运行，这是一个大的问题。
二是运行效率不高。理论上的运行效率可能是95%或者多少，但运行之后发现效率并不高，不能达到预想的效果。
三是运行成本比原预想的要高，或者说与其他的脱硫工艺相比偏高。这个问题将会对企业带来比较大的压力。
四是系统腐蚀比较严重，既腐蚀脱硫及管路，还腐蚀周边的环境，造成二次污染或者是污染源增加。这个问题主要体现在以下方面：
——废水，废水最突出的是氯离子问题，国家标准对氯离子是没有控制的，包括硫酸根，排放指标里没有这一项。用这种废水浇树浇花都可能将其浇死。究其原因是废水里含盐份太高，即使被稀释了，但总量还在。
——废渣，包括烟囱的泥雨，以前叫烟囱雨，落地后发现还带有泥。烟囱排出来虽然是粉尘，但里面除不掉的就是泥，现在叫泥雨。这些废水及烟囱泥雨里的污染源再加上重金属、二恶英等，可能就对周围环境造成二次污染，或污染源转嫁。